公转商不会影响二套房，办理公转商后只是贷款方式发生变化，房屋套数和个人名下贷款情况的本质没有发生变化，还是一套，所以在买二套房的时候还是算二套房。
商业贷款转公积金贷款条件
1、住房商业贷款必须正常还款一年以上，并由商业贷款银行出具无逾期还款记录。
2、该住房已经办理《房屋所有权证》，并且该房产没有任何法律纠纷。
3、办理商业贷款转公积金贷款需住房商业贷款银行同意。
4、住房贷款申请商业贷款转公积金贷款时婚姻发生变化的需提供相应的证明和合法房产权属证明。
商业贷款转公积金贷款手续
商业贷款买房后面可以换成公积金。通常商业贷款转公积金贷款有两种方式，一种是先还后贷，贷款人自己先还清商贷;另一种是以贷冲贷，贷款人要将商贷本息余额大于商转公贷款的差额提前还清。
1、咨询受理。贷款转贷申请人到原商贷银行咨询，如果符合转贷条件，银行工作人员应指导借款人正确完整填写《个人住房公积金转贷资料》。
2、提交资料。提交贷款机构规定的相关资料。
3、贷款受理。对符合条件的借款人，受托银行在公积金系统中进行贷前试算，根据试算结果和还贷能力，与借款人商议确定贷款额度、期限、利率以及还款方式;受托银行在公积金系统中进行初审，初审未通过的，及时通知借款人并告知原因。
4、签订合同。借款申请人与原商贷银行签借款(抵押)合同，同时在银行指引下与管理指定的担保公司签订担保合同。
5、预存资金。借款申请人将原商贷余额与转贷的差额部分，用自有资金存入转贷银行开立的存款专户，用于提前结清原商业贷款。
6、贷款发放。管理发放贷款资金、有转贷银行通知转贷借款人将公积金贷款资金和借款人预存的资金同时结清原商业贷款。
7、办理抵押。由担保公司代为办理原商业贷款房产抵押注销手续，并办妥转公积金贷款抵押等登记手续。
