补充协议与合同正本具有同等的法律效力，尤其是补充协议，因为补充协议的存在，本身就是对原合同内容的补充修改。发生购房合同和补充协议的违约金比例不同的情况时，如果违约金低于或过分高于实际损失（过分高于指高于实际损失的30％），可请求法院判决减少违约金额。
合同违约金的上限是多少
如果合同中只对违约金做了原则性的规定，没有具体约定违约金的比例或数额，并且有关法律也没有明确规定违约金比例或者金额的，则可按《民法通则》及《合同法》中关于承担违约金责任的一般原则执行。一般来说合同违约金上限是不超过实际损失的30％。但是如果过高或者过低是可以请求法院给予减少或者增加的。
购房者在哪些情况下可获双倍赔偿
1、商品房买卖合同订立后，出卖人未告知买受人，便将该房屋抵押给第三人或出卖给第三人；
2、出卖人故意隐瞒未取得商品房预售许可证的事实或者提供虚假商品房预售许可证明；
3、出卖人故意隐瞒所售房屋已经出卖给第三人或为拆迁补偿安置房屋的事实；
4、出卖人故意隐瞒所售房屋已经抵押的事实；
5、房屋面积误差比绝对值超3％，买受人可请求解除合同、返还已付购房款及利息；买受人同意继续履行合同，且房屋面积大于合同约定面积的，面积误差比在3％以内（含3％）部分的房价款由买受人按照约定价格补足，超出3％部分的房价款由出卖人承担，权归买受人；房屋面积小于合同约定面积的，面积误差比在3％以内（含3％）部分的房价款及利息由出卖人返还买受人，超过3％部分的房价款由出卖人双倍返还买受人。
如何确定违约金
按照规定，若出现以下情形，导致合同目的不能实现或导致合同无效，又或者合同被撤销、解除的，买受人可以请求解除合同、返还已付购房款及利息、赔偿损失，并可请求出卖人承担不超过已付购房款一倍的赔偿责任：
1、商品房买卖合同订立后，出卖人未告知买受人，便将该房屋抵押给第三人或出卖给第三人；
2、出卖人故意隐瞒未取得商品房预售许可证的事实或者提供虚假商品房预售许可证明；
3、出卖人故意隐瞒所售房屋已经出卖给第三人或为拆迁补偿安置房屋的事实；
4、出卖人故意隐瞒所售房屋已经抵押的事实；
5、房屋面积误差比绝对值超3％，买受人可请求解除合同、返还已付购房款及利息。
