1、房屋来源不同：房改房是国家对职工工资中没有包含“住房消费资金”的一种补偿，也就是国家对职工的一种工资性实物补偿。商品房是具有经营资格的房地产开发商建成的房屋，是通过出让方式取得土地使用权。
2、价格确定方式不同：房改房价格是由政府根据实现住房简单再生产和建立具有社会保障性的住房供给体系的原则决定的，是以标准价或成本价出售给职工的公房。商品房是市场经济条件下可进行交易的“商品”，其销售价格是由市场经济供求关系决定的。
3、销售对象不同：房改房的销售对象有限制，购买房改房的对象，只能是承住独用成套公有住房的居民和符合分配住房条件的职工家庭。商品房的出售对象是公开面向社会居民群体，根据其销售对象的不同，可以分为外销商品房和内销商品房两种。
4、购房面积限制不同：房改房的购房面积有限制，政府等部门有文件明文规定了人均可购房的建筑面积的“控制指标”，以防止一些人大量低价购买公有住房，造成国有资产的流失。商品房是可以按国家法律、法规，在市场上进行自由交易买卖的，购买者可根据自己的购买力，随心而定房屋的位置、楼层、结构和面积大小等内容。
5、优惠政策不同：房改房的价格有优惠，公有住房的实际出售价格，是在“标准价”或“成本价”的基础上，还要进行工龄、职务或职称、家庭人口等多方面的优惠折扣。商品房没有优惠，还要面临限购政策。
6、出售条件不同：房改房在进入市场买卖时有限制，出售给职工的公有住房，一般要在职工住用若干年以后，才可出售。同时，大部分房改房在出售时，原单位都保留了优先回购权。而商品房出售就没有要求限制了。
